Проблема формирования научно-инновационного потенциала является актуальной, поскольку в научных организациях, в том числе и вузах, происходит вымывание результатов фундаментальных и поисковых исследований, полученных в предшествующие годы с устойчивым финансированием фундаментальной науки. Одной из причин возникновения такой ситуации является то, что в организациях недостаточно уделяется внимание управлению научной деятельностью и развитию инновационных процессов, созданию и совершенствованию систем менеджмента качества, обеспечивающих повышение результативности исследований. В статье предлагается метод управления качеством, направленный на решение проблемы повышения качества научного потенциала организаций при внедрении методов процессного управления для совершенствовании научно-инновационной деятельности.