Данная исследовательская статья посвящена проблемам апробации и использования методологии оценки эффективности региональных экономических систем и сферы высшего образования. Цель исследования заключается в обосновании показателей для оценки влияния университетов на региональное инновационное развитие. Анализ инструментов измерения уровня инновационного развития, наиболее распространенными из которых являются индексы регионального инновационного развития, позволяет сделать вывод о том, что при всей их аналитической ценности для оценки эффективности и качества инновационного развития, мониторинга и оценки инвестиционных перспектив, целей и результатов государственной инновационной политики необходима разработка специальных индикаторов. Оценку вклада университета в инновационное развитие предлагается базировать на методологии Data envelopment analysis, которая позволяет сравнить деятельность сложных экономических систем на основе анализа Inputs и Outputs и недискретных параметров функционирования этих систем. Региональная инновационная система и университет как актор этой системы представляют собой сложно организованную экосистему, в которой преобразовываются переменные параметров Input «входа» - факторы инновационного развития в получаемые переменные параметров Output «выхода» - результаты инновационной деятельности. Деятельность исследуемого сложного объекта со множеством Inputs и Outputs анализируется в окружающей его среде функционирования и сопоставляется с другими акторами. На основе DEA возможно построить матрицу, если распределить имеющиеся данные по трем категориям: ресурсы, результаты, негибкие параметры с использованием Индекса Малкмиста и получить выводы об эффективности региональной инновационной системы. Возможно также оценить вклад университета в инновационное развитие региона с использованием тезиса о том, что сравнительно более эффективен тот регион, который получает больше результатов при относительно одинаковом количестве ресурсов. Вклад университетов в инновационное развитие территории их размещения определяется рядом факторов, важнейшими из которых являются следующие: уровень инновационного развития региона, уровень инновационного потенциала региона, уровень интеллектуального потенциала университета для развития региона. Для их оценки общедоступные показатели Росстата, характеризующие деятельность университетов и инновационное развитие российских регионов по статистической оценке уровня технологического развития отраслей экономики и науки, инноваций, передовых производственных технологий, рост которых можно однозначно трактовать как свидетельство позитивного уровня инновационного развития региона, проклассифицированы с представленных выше позиций на Input и Output показатели, а также определены критерии эффективности системы. Разработка подобных методов оценки эффективности региональной инновационной системы и вклада (вовлеченности) университетов в региональное развитие позволит изучать различные аспекты деятельности региональных университетов, создавая инструментарий оценки их потенциала в содействии региональному инновационному развитию. Представляется перспективным применение описанного подхода к исследованию роли и потенциала социальных институтов регионального развития и инновационных региональных систем, активизации инновационной деятельности ее субъектов, для использования при оценке и выработке механизмов повышения эффективности университетов и ранжировании регионов, что важно при стратегическом планировании инновационных региональных стратегий и позволяет более эффективно реализовывать инновационную политику в регионах.